全所现有职工207人，中科院院士1人。其中科技人员166人，研究员15人，副研究员、高级工程师37人，中级科技人员65人，设有1个博士和3个硕士的学位授予点；现有博士研究生70人，硕士研究生77人。1996年被批准建立博士后工作站。

　　现设立了系统动物学研究室、遗传与进化研究室、灵长类生物学研究室、动物毒素研究室、保护生物学中心、中国科学院典型培养物保藏委员会昆明细胞库等6个研究机构，有中国科学院“细胞与分子进化研究重点实验室”1个、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”2个，中国科学院-马普青年科学家小组2个；动物标本馆珍藏各类动物标本56万号，模式标本300余种，与世界13个国家和地区建立了标本交换关系，是我国西南地区最大的动物标本馆。2003年，在此基础上，院省共建的昆明动物博物馆的建设已基本完工。在研究所原址扩建的灵长类实验动物中心是中科院3大实验动物中心之一；2003年为承担国家“SARS”攻关任务而紧急改扩建的P3级生物安全实验室，是科技部认证的我院唯一可作大动物感染模型的生物安全实验室。图书情报信息网络中心有中、外文科技藏书3.6万册，中外文科技期刊15.3万册。有激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、蛋白纯化系统、定量PCR检测系统等先进的仪器装置。

　　知识创新以来，研究所共承担各类科研项目299项，其中国家级项目74项，中国科学院项目88项，地方项目68项，国际合作项目14项，企业委托36项，其他项目19项。共发表各类科技文章604篇，SCI收录刊物上发表研究论文319篇；出版著作30部；申请并受理专利52项，获权17项。获奖成果20余项，其中4项成果荣获省部级一等奖。